Émile Aubry naît le 18 avril 1880 à Sétif, en Algérie, fils d'un médecin militaire. Cette double appartenance - algérienne par la naissance, française par la culture - traversera toute son existence et irriguera profondément son œuvre.
Au lycée Janson-de-Sailly, il acquiert une solide imprégnation de la culture gréco-latine, avant d'intégrer l'École des Beaux-Arts de Paris en 1901, dans les ateliers de Jean-Léon Gérôme et de Gabriel Ferrier. Il s'impose rapidement comme l'un des élèves les plus prometteurs de sa génération. Il obtient le Grand Prix de Rome en 1906 avec une toile consacrée à Virgile, et bénéficie à Rome des conseils de Carolus-Duran sur l'art du portrait mondain.
Son répertoire se construit à la croisée de plusieurs univers. Les sujets tirés de la fable antique côtoient les inspirations bibliques - Jésus au bord du lac, Au pied de la croix - et les scènes orientalisantes nourries de ses fréquents retours en Algérie. Avec une extrême rigueur, il travaille longuement d'après le modèle, renouvelant ses esquisses jusqu'à une perfection qu'il juge toujours incomplète. Sa Bacchanale, peinte vers 1929, entre dans les collections du musée d'Orsay, témoignage de la reconnaissance nationale accordée à son œuvre.
Il expose au Salon des Artistes français entre 1905 et 1937, recevant une médaille d'or en 1920, le prix Jean-Jacques-Henner en 1926 et une médaille d'honneur en 1934. En 1935, il est élu à l'Académie des beaux-arts. Son chef-d'œuvre demeure la vaste décoration murale de l'Opéra d'Alger, à laquelle il consacre plusieurs années de travail acharné. Il réalise également plusieurs toiles pour le pavillon de l'Algérie à l'Exposition coloniale de 1931 à Paris.
Après la guerre, il s'installe presque entièrement en Algérie, partageant son temps entre Aïn-Meddah et Alger, peignant portraits et paysages de Kabylie ou du Sahel. Il fait don de cinquante de ses œuvres à la ville de Bougie, qui leur consacre un musée portant son nom. Émile Aubry s'éteint le 9 janvier 1964 à Voutenay-sur-Cure, laissant l'image d'un peintre exigeant et discret, fidèle toute sa vie à deux passions indissociables : la beauté de l'Antiquité et la lumière de sa terre natale.